Los simpatizantes del PNV lo adquirieron en 1936, y en 1937, en plena Guerra Civil (1936-1939), se convirtió en la sede del gobierno regional vasco en el exilio. La Guerra Civil Española finalizó con la victoria de Franco y su dictadura (1939-1975), contando con una valiosa ayuda militar de la Alemania nazi.
En 1940, durante la ocupación nazi de Francia, la Gestapo confiscó el edificio y lo entregó a la España franquista y, en 1943, una primera decisión judicial francesa consideró que el edificio pertenecía al Estado español.
El PNV no dejó de reclamarlo, pero en 2003 el Tribunal Supremo de España falló en contra al considerar que los nacionalistas no habían podido demostrar suficientemente que fueron ellos quienes lo compraron y que la cuestión parecía resuelta judicialmente.
Al final, el gobierno del socialista Pedro Sánchez transfirió la propiedad, medida criticada por la oposición, que lo vio como un pago por favores.
«Lo que está pasando es que privatización de un bien público para dárselo a un partido», para que pueda beneficiarse «de esa propiedad de forma millonaria», lamentó Miguel Tellado, portavoz del conservador Partido Popular (PP), principal partido de la oposición.
